Det bekräftar den 17-seedade spanjoren själv på Instagram.
"I går började jag känna mig dålig, och jag har nu testet positivt för corona. Symptomen är inte allvarliga, men jag tror att det är rätt beslut. Tack för allt stöd. Jag hoppas att jag snart är tillbaka på banan", skriver han.
Roberto Bautista Agut skulle ha mött colombianen Daniel Galan, som därmed är klar för tredje omgången i grand slam-turneringen.
Bautista Agut gick 2019 till semifinal i Wimbledon där han förlorade mot Novak Djokovic.
Tidigare har bland andra kroaten Marin Cilic och italienaren Matteo Berrettini lämnat återbud till Wimbledon på grund av smittan.