Den spanske världstvåan kände av smärtor i ryggen redan inför Australian Open, men valde trots det att spela grand slam-turneringen i vilken han åkte ut i kvartsfinal.
"Det är med stor sorg som jag måste avstå spel i Rotterdam", säger den 20-faldige grand slam-vinnaren i ett uttalande.
I Nadals frånvaro blir ryske världstrean Daniil Medvedev försteseedad. Rotterdam Open avgörs 1–7 mars.