"Hej alla, vi har beslutat, Spaniens lag och mitt team, att jag inte ska spela den första matchen i ATP Cup här i Melbourne för jag är stel i nedre delen av ryggen", skriver spanjoren på Twitter.
Nadal skulle ha mött Australiens topprankade spelare Alex De Minaur i lagtävlingen, men den spanske tvåan Roberto Bautista får i stället möta De Minaur.
Nadal hoppas kunna spela igen på torsdag då Spanien möter Grekland.
Nadal har spelat en träningsmatch sedan han kom ut ur tvåveckorskarantänen, i fredags då han slog Dominic Thiem i två raka set.
Nadal är på jakt efter sin 21:a grand slam-titel.
Världsettan Novak Djokovic, som är ute efter sin nionde titel i Australian Open, visar dock väldigt god form inför mästerskapet i Melbourne. Han ledde Serbien till en 2–1-seger över Kanada i ATP efter att ha besegrat Denis Shapovalov i singel och sedan även vunnit dubbelmatchen, tillsammans med Filip Frajinovic.
– Det var en bra start på säsongen, jag är väldigt nöjd, säger Djokovic.