Förhoppningen är att han ska bli frisk till US Open, som inleds om knappt tre veckor.
– Nu måste jag åka hem (till Mallorca) för att försöka bli bättre igen. Foten tillåter mig inte att röra mig som jag vill och jag kan inte tävla på den nivå som jag behöver ligga på, säger spanjoren enligt AFP.
Nadal, som numera är världsfyra, hoppade i juni av såväl Wimbledon som Tokyo-OS. Han skrev då på Instagram att "efter att ha lyssnat på min kropp och pratat med mitt team är jag övertygad om att det är rätt beslut för att kunna förlänga min idrottskarriär".
I comebacken i Washington DC förra veckan åkte Nadal ut mot 50-rankade Lloyd Harris i sin andra match men sade då att foten var bättre.
Även Novak Djokovic har lämnat återbud till turneringen i Cincinnati med hänvisning till att han behöver vila.