En av flaggorna ska också ha haft en bild på Vladimir Putins ansikte, enligt tidningarna The Age och Herald Sun.
Händelsen inträffade på vägen ut ur stadion sedan femteseedade ryssen Andrej Rubljov förlorat kvartsfinalen mot Novak Djokovic.
"Victoriapolisen ingrep och fortsätter att förhöra dem. Komforten och säkerheten för alla är prioriterad och vi jobbar i nära samarbete med säkerhetsorganisationen och myndigheterna", säger det australiska tennisförbundet i en kommentar.
Det är förbjudet för åskådare på Australian Open att medföra ryska och belarusiska flaggor efter att Ukrainas ambassadör i Australien ställt det som krav efter att ryska flaggor skymtats under de inledande dagarna av turneringen.
Sedan Rysslands invasion av Ukraina har spelare från Ryssland och Belarus fått spela vidare i de flesta turneringarna, men då under neutral flagg.