– De senaste dagarna har jag haft problem med en mindre skada mellan mina knogar, en liten sträckning i ledbanden, säger han i en video på Twitter.
Thiem hade stora bekymmer med en handledsskada i fjol, och drog sig ur både Wimbledon och US Open. I augusti meddelade han att han skulle bli borta resten av säsongen.
Trots det nya bakslaget verkar comebacken inte vara alltför långt bort.
– Det positiva är att min handled mår utmärkt, men jag lider av smärtor i min hand och är även otränad. Så jag måste dra mig ur, jag är väldigt ledsen för det, men jag kommer att komma tillbaka när jag är 100 procent frisk, säger han.
Thiem har inte spelat en match sedan i juni. Så sent som i mars i fjol var 28-åringen världstrea, men nu har han rasat till plats 37 på världsrankningen.
Hans främsta merit är en US Open-titel från 2020.