Kontaveit har svåra ryggproblem.
"Detta tillåter inte fullskalig träning eller fortsatt tävling. Därför är det omöjligt att fortsätta på toppnivå", skriver Kontaveit.
Estniskan, som just nu är rankad 79:a i världen, var världstvåa så sent som ifjol.
"Det har varit viktigt för mig att ta med den estniska flaggan till tennisbanorna och att kunna spela inför mina supportrar och fans över hela världen."
Kontaveit debuterade på WTA-touren 2013 och har sex titlar på meritlistan. Hon vann den senaste i St Petersburg 2022.
Klassiska grand slam-turneringen Wimbledon, som startar den 3 juli, blir hennes sista proffstävling.
"Jag är redo för nya utmaningar efter min senaste ansträngning som professionell tennisspelare - att njuta av spelet och tävla så hårt jag kan i Wimbledon."