Den serbiske världsettan klev in direkt i den andra omgången av ATP-turneringen men fick inte grepp om Davidovich Fokina som vann första set med 6–3.
Spanjoren, plats 46 på världsrankningen, gick sedan upp till 3–0 i andra set innan Djokovic vaknade till liv, vann fem raka game och gick upp till en 5–4-ledning.
Och andra set blev en rysare – ett set som Djokovic till slut tog hem efter tiebreak.
Tredje och avgörande set var allt annat än en rysare. Davidovich Fokina vann med 6–1 och avancerade därmed till nästa runda. För Djokovic tog turneringen i Monte Carlo slut direkt.
– Han var den bättre spelaren. Jag hängde på repen hela matchen, säger Djokovic enligt AP.
Djokovic berättar att han var helt utmattad för att bjuda upp till en fajt i tredje set.
– Jag kollapsade. Jag fick soppatorsk, konstaterar serben.
Grusturneringen i Monte Carlo var Djokovics andra ATP-turnering för säsongen, den första spelade han i Dubai i slutet av februari. Då serben inte vaccinerat sig mot covid-19 nekades han spel i såväl Australian Open som prestigefyllda Indian Wells.
Nästa stora turnering är Franska mästerskapen, som avgörs mellan den 22 maj och 5 juni. Arrangörerna har tidigare meddelat att Djokovic kommer få spela så länge coronasituationen är stabil i Frankrike.