Barty hade ont i höften redan under första omgången där hon vann mot kroatiska Bernarda Pera i tre raka set.
– Det kommer att bli en tuff vecka. Under helgen har det blossat upp lite i min vänstra höft, sade hon då.
Senaste gången Barty hon spelade Franska mästerskapen, 2019, vann hon turneringen efter seger mot Markéta Vondrousová i finalen.
Australiskan har annars inte avslutat en turnering så här tidigt sedan 2018, då hon slogs ut i andra omgången av Franska mästerskapen.
Sedan tidigare är det klart att inte heller världstvåan Naomi Osaka kommer att spela vidare. Osaka meddelade i måndags att hon drar sig ur tävlingen av hälsoskäl.
Och även världstrean Simona Halep saknas. Rumänskan drog sig ur redan innan turneringen startade på grund av skadeproblem.
Högst rankade spelaren som är kvar är nu världsfyran Aryna Sabalenka från Belarus. Sabalenka har hittills aldrig nått kvartsfinal i en grand slam-turnering.