Incidenten inträffade natten till onsdag under en utmanande nedstigning. Räddningsteamet anlände till platsen kort därefter men löparens liv gick inte att rädda.
"Myndigheterna uppmärksammades, och en ambulanshelikopter efterfrågades. Trots all vård gick löparen bort på grund av sina skador", skriver arrangörerna i ett uttalande.
Ultraloppet är ett av flera evenemang som äger rum i bergen kring Mont Blanc, Europas näst högsta berg, under sista veckan i augusti.
1 600 löpare deltar i det 170 kilometer långa loppet i de franska och italienska alperna.